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FPGA在实时基因组测序盘算年夜显身手,把测序时间从30小时延伸到26分钟!

宣布时间:2016年08月02日 13:08    宣布者:eechina
要害词: 基因检测 , 基因组测序
作者:haoxingheng

基因组测序是一种新型基因检测手艺,它可以从血液或许唾液中剖析测定基因全序列,用来意料疾病,小我的行动特点等等。完成这一项手艺须要海量的盘算支持,经常须要期待一段时间才可以取得检测效果。可是,Edico Genome推出的“龙”硬件加速卡将测序盘算时间由30小时延伸到26分钟,很快便可以够优化完成实时盘算的目的。

IBM Power Systems比来在《华盛顿邮报》官网上揭晓了题为“Powerful computing crunches genomic data at warp speed”的文章,文章形貌了Edico Genome应用硬件加速器来加速基因研究的海量盘算。Edico Genome董事长兼CEO Pieter van Rooyen和他的团队在南非阻拦血液剖析的使命,主要面向两种疾病:艾滋病(HIV)和肺结核(tuberculosis)。同时他们也开发了一款定制的硬件加速卡来加速盘算,这款加速卡就是“龙”卡,卡上集成了基于IBM Power8处置赏罚赏罚器的S822LC高性能盘算服务器和Xilinx 28nm FPGA

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加速卡盘算的效果若何呢?“之前一个基因组测序须要年夜约30小时” van Rooyen说,“我们曾经把盘算时间降到26分钟,很快,我们就会进一步优化到10分钟”。他预计一个全序列基因编译可以在靠近实时的时间内完成。

视频地址:

Stone在视频中诠释说,FPGA加速卡将处置赏罚赏罚时间缩减到6分钟左右,而纯软件处置赏罚赏罚年夜概须要6小时,FPGA硬件加速供应了约50X~60X的加速性能。现在Edico Genome“龙”卡上用的是Xilinx 28nm器件,公司曾经推敲在他们下一代的板子上应用Xilinx UltraScale器件,在现有基础上再取得5X的加速性能提升。

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